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（1对计算机软件的经济特征、技术特征及风险特征认识不足；
(2对商业秘密与企业发展的关系认识不足;
(3对现有法律的保护的方式认识的还不够充分；
(4对计算机软件使用商业秘密保护缺乏理论研究和实践经验。
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计算机软件存在商业秘密是客观的，特别是对商业秘密的核心技术，业界的同行们心里都非常清楚。但是，能够自觉运用保护商业秘密的法律手段来维护自己的权益，却显得非常不够。有的企业管理领导层根本就没有保密的意识，也就没有保密的措施，有的虽然采取了措施，但是措施不到位，保密制度不健全。
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如对文件进行编号、划分等级，配置必要的保密、防盗设备，确保秘密文件及其所处区域的安全等。又如建立项目开发档案，妥善保管立项论证报告、阶段性开发文档包括立项、论证、编写、调试、测试、各阶段的软件版本及终级软件版本等技术文档资料。
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第一，保密的方式不同。保密协议也称为不披露协议，指企业与员工之间签订的协议，它要求员工保守商业秘密，不得披露。而竞业禁止协议是禁止从事竞争性的行业，它是指负有特定义务的工作人员在任职期间或离职后，在一定期间内不得从事与其任职企业有竞争的行业。
第二，保密的时间范围不同。保密协议并无时间限制，除非该商业秘密被他人突破，进入公知领域。而竞业禁止协议期限一般为3年至5年，并受法律的限制。
第三，违约的侵害后果不同。员工违反保密协议时，对企业商业秘密的侵害是实际存在的；而竞业禁止协议是对推定损害事先防范的制度，当员工违反竞业禁止协议时，对企业商业秘密的侵害是推定的。笔者认为，竞业禁止协议是保护商业秘密的一种更为行之有效的方法，它能对权利人的商业秘密保护起到更充分的保护作用。
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针对软件变更管理中存在的问题，可以采用IBMRationalClearQuest软件变更管理工具进行高效的变更管理。该工具能够定制软件变更管理过程中的入库流程、出库流程、更改流程、缺陷管理流程等电子审批流程，还能够对软件变更历史记录进行查询，从技术手段上解决了软件变更缺少评审、验证等环节，以及软件变更过程可追溯性差等问题，让软件变更管理过程实现了模块化思想，从而提高了软件变更管理的效率及质量。
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必要时应与相关产品的供应商、批发商、销售商、转包商及顾问、律师等提出保密要求，签订保密协议。
